凝膠成像分析系統是，樣品在電泳凝膠或者其他載體上的遷移率不一樣，以標準品或者其他的替代標準品相比較就會對未知樣品作一個定性分析。這個就是圖像分析系統定性的基礎。根據未知樣品在圖譜中的位置可以對其作定性分析，就可以確定它的成份和性質。
凝膠成像分析系統的選擇應該遵循以下這樣的幾個原則：
1、凝膠成像分析系統的廠商的產品線要擁有普通凝膠成像分析系統，化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，多功能活體成像分析系統這些比較長的產品線，這樣可以給用戶足夠的選擇空間。并且可以從普通凝膠成像分析系統可以升級到化學發光成像分析系統的空間，從化學發光成像分析系統升級到多色熒光成像分析系統的空間，從多色熒光成像分析系統升級到多功能活體成像分析系統的空間；
2、選擇的品牌應該擁有自主生產分子影像成像分析系統的主要零部件的能力，特別是CCD的生產，濾光鏡片和多功能軟件這些主要部分，這樣可以為用戶以后維修零部件節省成本和為用戶提供質量的保證，同時這樣的廠家整套儀器的價位也可以有所降低；
3、凝膠成像分析系統的品牌同時擁有分子影像成像系統和數字成像系統生產能力，或者有分子影像成像系統和數字成像系統相結合的產品，由于現在的數字成像系統已經在各個領域應用非常的廣泛，以后分子影像成像系統和數字成像系統相結合一定是一個新的趨勢；
4、凝膠成像分析系統的品牌選擇，特別是在選擇化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，多功能活體成像分析系統的時候，由于現在化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，多功能活體成像分析系統還沒有普遍，這些方面的知識和技術還不普遍，特別是多功能活體成像分析系統更是如此，所以要特別留意品牌是否有強大的才可以。
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