凝膠成像儀主要用于蛋白質、核酸凝膠成像及分析，系統提供白光和紫外光以及藍光光源進行拍攝凝膠，由系統自帶的圖像捕捉軟件捕捉拍攝圖像，然后由系統自帶的圖像分析軟件對拍攝的圖像進行分析。
從整體總的來說凝膠成像儀（系統）可應用于：蛋白質、核酸、多肽、氨基酸、多聚氨基酸等其他生物分子的分離純化結果作定性分析：
（1）分子量定量
對于一般常用的DNA膠片,利用分子量定量功能,通過對膠上DNAMarker條帶的已知分子量注釋,自動生成擬合曲線,并以它衡量得到未知條帶的分子量。通過這種方法所得到的結果較肉眼觀察估計要準確很多。
（2）密度定量
一般常用的測定DNA(脫氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)濃度的方法是紫外吸收法,但它只能測定樣品中的總核苷酸濃度,而不能區分各個長度片段的濃度。利用凝膠成像系統和軟件,先將DNA膠片上某一已知其DNA含量的標準條帶進行密度標定以后,可以方便的單擊其他未知條帶，根據與已知條帶的密度做比較，可以得到未知DNA的含量。此方法也適用于對PAGE蛋白膠條帶的濃度測定。
（3）密度掃描
在分子生物學和生物工程研究中，我們常用到的是對蛋白表達產物占整個菌體蛋白的百分含量的計算。傳統的方法就是利用專用的密度掃描,但利用生物分析軟件結合現在實驗室常規配備的掃描儀或者直接用白光照射的凝膠成像就能完成此項工作。
（4）PCR定量
PCR定量主要是指，如果PCR實驗擴增出來的條帶不是一條，那么可以利用軟件計算出各個條帶占總體條帶的相對百分數。就此功能而言，與密度掃描類似，但實際在原理上并不相同。PCR定量是對選定的幾條帶進行相對密度定量并計算其占總和的百分數，密度掃描時并對選擇區域生成縱向掃描曲線圖并積分。
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