但由于在自動低壓液相色譜中以液體代替氣相色譜中的氣體作為流動相，而液體和氣體的性質不相同；此外，液相色譜所用的儀器設備和操作條件也與氣相色譜不同，所以，自動低壓液相色譜與氣相色譜有一定差別，主要有以下幾方面：
（1）應用范圍不同
自動低壓液相色譜僅能分析在操作溫度下能氣化而不分解的物質。對高沸點化合物、非揮發性物質、熱不穩定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難。致使其應用受到一定程度的限制，據統計只有大約20%的有機物能用氣相色譜分析；而液相色譜則不受樣品揮發度和熱穩定性的限制，它非常適合分子量較大、難氣化、不易揮發或對熱敏感的物質、離子型化合物及高聚物的分離分析，大約占有機物的70 ~ 80%。
（2）液相色譜能完成難度較高的分離工作
因為：
①氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的，不參與分配平衡過程，與樣品分子無親和作用，樣品分子只與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相液體也與固定相爭奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個因素。也可選用不同比例的兩種或兩種以上的液體作流動相，增大分離的選擇性。
②液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜。等，作為分析時選擇余地大；而氣相色譜并不可能的。
③ 液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。
（3）由于液體的擴散性比氣體的小105倍，因此，溶質在液相中的傳質速率慢，柱外效應就顯得特別重要；而在氣相色譜中，柱外區域擴張可以忽略不計。
（4）液相色譜中制備樣品簡單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備。但液相色譜尚缺乏通用的檢測器，儀器比較復雜，價格昂貴。在實際應用中，這兩種色譜技術是互相補充的。綜上所述，液相色譜法具有高柱效、高選擇性、分析速度快、靈敏度高、重復性好、應用范圍廣等優點。自動低壓液相色譜已成為現代分析技術的重要手段之一，目前在化學、化工、醫藥、生化、環保、農業等科學領域獲得廣泛的應用。
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